莆田市气象局是莆田气象部门的领导机构，实行以气象部门为主与地方政府双重领导的管理体制，承担福建省气象局和莆田市人民政府赋予的气象工作管理职能。

莆田市气象系统分为市、县二级机构。负责对全市气象行业实施规划、协调、指导、监督，负责对气象法规和气象业务技术规范、标准的执行情况进行监督检查，统一管理天气预报警报及其它气象信息的发布，参与有关的防灾减灾决策，管理与指导气候资源的开发、利用和保护，组织对当地重点建设工程、重大区域性经济开发项目、城乡建设规划中的气象条件评价的论证和审查。归口管理人工影响天气和社会生产、人民生活中与气象有关的防雷避雷安全设施的设计、施工和技术检测，为莆田经济建设和社会发展提供各种气象科技服务。市局由局机关和直属事业单位构成，其中局机关内设：办公室（人事教育科）、业务科技科、政策法规科；直属事业单位共五个，分别为：气象台、气象服务中心、气象灾害防御技术中心、财务核算中心、气象信息网络与装备保障中心。